『対面するように座っているのはこの民間警備会社“新撰組”の長の老爺だ。』『の』が連続しています。『民間警備会社“新撰組”の長である老爺が彼と対面する形で座っている』というの感じの文にした方がいいと思います。

『【永倉新八ながくらしんぱち】』の前に『私は』と入れた方がいいと思います。

『疑問する』という言葉はないと思うのですが。

『白人とは言え、ただの平民とは思えなかった』『とは言え』は前述の言葉と相反する内容を導く言葉です。ここの文章の意味が、どうにもわかりません。白人は平民なのか？　白人は平民ではないのか？　言いたいことはわかるのですが。別の言葉を当てはめてみた場合『東大生とは言え、ただの馬鹿とは思えなかった』となり、意味が通じなくないですかね？

『（命を救われた、とはいえ家に上げるとは些か軽率過ぎただろうか？）』この文章を読む限り、やはり先の情に流された『一人で行って欲しくない』的な文章がいよいよおかしく感じます。

『老爺』であったり『爺さん』であったりしているので、統一した方がいいでしょう。

『茶菓子の羊羹』『茶菓子の』はいらないかなぁ。

『とは新八の質問だ。殺気立っていたのが嘘のようにちらちらと目の前に鎮座する一切れの羊羹に視線を落としている。』これは『殺気立っていたのがまるで嘘のように、ちらちらと目の前に鎮座する一切れの羊羹に視線を落とす新八』でいいと思います。『～の質問だ』と表現すると説明的すぎます。

『アンナも食っていいぞ。』この場合おススメしている訳なので、『食ってみるか？』の方がいいかと。『食っていいぞ』だと、我慢している相手に「ほれ、食え」と言っているように思えます。

『彼女はそう言って茶にも羊羹にも手を付けない。彼女はただずっと、正面で羊羹を頬張る新八が食指を止めるのをじっと待っていた。』これは一文にしてしまってもいいと思います。

『持ち出されたさる魔導書と』の後に読点が入った方がいいと思います。

『分かたれていたと確信した故に。』ここは『分かたれていた』の断言でよくないですかね？

『魔人が奪った』の後に読点が入った方がいいと思います。

『その少女は斬らねばならん』斬らねばならない相手に対して少女って言いますかね？　小娘とか？

『待ってくれ』何故二回言うのでしょう？　『落ち着いてくれ爺さん』の方がいいと思います。もしくは後の方を『～知らんが、まずは落ち着いてくれ』とか。

『「頼む、話を聞いてくれ」「退け」』ですが、新八の猛りを思うと言葉を待ったりしないと思います。もっとテンポよく畳みかける様な表現があってもいいかと。『「頼む、話を……」「ええい、退け」』とか。

『悠雅には彼女が口走った単語について何一つ理解が及んでいないが。敬愛する恩師の反応から察せられる。少女が求めるものの危険度が分かる。』句点でブツブツに区切った意味がないと思います。

『「退かない」』ここは『断る』の方が格好よくないですか？　同じ言葉を繰り替えさせるよりも。

『「はぁ……」』の前後で新八の表情の変化が欲しい所。今までの緊迫感は？　となってしまいます。


追記
『退かない』に関しては私がこっちの方がいいかなという言葉を選んだだけですので、明確な理由があるのなら蜂蜜様の表現でよろしいかと。
『食っていいぞ』の所も実際私も悩んだんですよね。いいのかなぁ。でも、こっちの方がって感じで。ですから、そこは深く考えなくてもいいかと。

「妙法蟲聲經」というのもクトゥルフ関係の言葉なのですね。
クトゥルフは詳しくないので、初めて知りました(*´▽｀*)

ところで、「俺が頷くのを見てから、爺さんはアンナに顔を向けると、」の部分だけ、一人称が顔を覗かせてます（＞＜）

東条英機？
彼が魔人ですか……。

現実との落差があるのも、やはり架空歴史小説の醍醐味ですね……。

ああ、でも驚いた。