これは、53話（52話？）に謎解きに関するヒントがあります。
宝石の色は魔法の属性の色を表しており、その属性の色なるものは作中では魔法発動時に具現化する光の色で描かれています。
作中に登場している分だと、火は赤、風は黄緑、雷は紫、くらいだったでしょうか。全ては登場していませんが、魔法に関する知識を持っている主人公は魔法の属性と光の色の関係については熟知しているため、上記のフレーズが謎解きの答えであることに気付いたというわけです。
以上を踏まえて宝石を並べていくと、

ルビー（赤・火）→サファイア（青・氷）→ペリドット（黄緑・風）→アンバー（黄・土）→アメジスト→（紫・雷）→アクアマリン（水・水）

となります。