まず核融合技術が確立したとします。
核融合エンジンを考えた場合、大きく二つの方式が考えられます。ひとつは核融合から得られる電気や熱を利用する方式、もうひとつは核融合による爆発を利用する方式です。（他にあるかも知れませんが）
前者は、イオンエンジンのような電気推進の形で利用しますが、降車は核爆発のエネルギーを利用して推進する、いわゆる核パルスエンジンですね。こちらは、核爆発を連続して起こさなければならない点や放射線から守る手段を考えなければなりませんし、わざわざ核融合を使うよりも通常の原爆、核分裂の方が簡単でしょう。
つまり、核融合エンジンが出来たとしても、現在の電気推進（が進歩した方式）のエネルギー源として使われるのではないでしょうか。
（追記）
核融合の熱を利用する場合には、熱核推進ですね。これも電気推進と同様推進剤が必要になります。