簡略化して書いてるときは不自然じゃなくても、実際に細かく描写してみるとちょっと無理な展開ってありますよね。
私も今の小説で「あ、しまったな」って場面が結構あります。
けど、そこから無理に整合性をとろうとすると、また別の場面が辻褄合わなくなったりするんですよね。

さてプロットですが、私の場合、まずテーマから物語の始まりと終わりを決めます。それに合わせて物語全体の起承転結を組み立てていきます。
そこから、さらに起承転結の起の中の起承転結を考えていきます。
起承転結の起とはつまり世界観の様子やどんなキャラクターがいるのかという部分になるわけですが、単純に説明するだけでは読者は退屈なので何か事態を起こしつつ説明するという感じです。
残りの承転結も同様にプロットを作ります。
プロットに関してはそんな感じに作ってますね。