組織において人事を握るのは大きいですからね。
後はどこまで家光のごり押しに対する独立性（将軍による命令とのバランス）があるのかですね。
あらゆる加増や取り立てに忠長の同意が必要というのは風当りが激しすぎると思うので主人公が言っているように初代は現物支給の一代限りの身分とし亡くなった時点で最終役職や貢献などを評議にかけ譜代として子に継がせるか判断したうえで大名化や旗本化などの家禄を設定というあたりが適当なのでしょうか。
家光へのブレーキという意味では初代は完全に役高のみとし、譜代初代（二代目）では旗本で家禄1千石程度を上限とし役職に応じた役高不足分を追加するということでいきなり急激な家禄の上昇へと直結させない仕組みというのもありそうですね。（代替わりごとの査定による御恩と奉公の再確認にもつながる。代替わりごとの家禄の追加上限は最終役高の一割とか）
譜代の大名となってからも家禄と役職による転封による増加分を切り離して、退けば元の石高程度（多少は余禄）に戻す形にしておけば外様などへの家禄の加増もかなり特例で済ませれそうに思います。

例えば吉宗の有能な人間を抜擢するための足高の制で高禄な人間が能力でなく幕府が役高として払う米が少なくていいという理由で高位を占める理由になる無駄に高禄な旗本の数を抑えることもできるのではないかな。