叡智→ルビを

嚥下する→ルビを
淫靡→ルビを
撥ね除け→ルビを

ソーセージとセージは関係ないらしいです

碑→ルビを

思い出したから帰→思い出したから帰――

その程度で慌てますかね。昆虫も貴重な蛋白源として普通に食べられていると思います。家畜を育てるよりずっと低コスト（資源的に）です。あの忌まわしきGも現在食べている地域があるくらいですから。

一行目、字下げがあったほうがいいです。
擲つ→ルビを

諍い→ルビを

こっちから観測して砲門が見えるくらいなら、もうあっちはとっくに人類の存在を確認していて、必死で偽装工作してるのもバレてるんじゃないでしょうか。というか、自分たちが作り出した生物がどうなっているか、定期的に観察していてもおかしくないし、人類が今までに宇宙に放出しまくってた電磁波類を受信していてもおかしくないです。

思い立ったのはどう考えても今日じゃなさそうなんだが
良ツッコミ！

ワインとグラスを二つ→グラス二つとワインを
葡萄→ルビを
いちいち葡萄なんて作っている余裕なんて→いちいち葡萄を作る余裕など　なんてなんてになっているので
普通に飲める→普段から飲める
人間くらいだ→人間だ
我慢するのか→我慢するか
何も千年前より希少になったのはワインに限らない。→千年前より希少になったのは何もワインに限らない。
一切作られていない→含まれていない　「そこに」に対して「作られていない」は不自然です
その他肉類や魚などの海産物は→肉類や魚などの海産物　「その他」は「穀物など以外の」という意味と解釈しましたが、不要と思います。
各エリアで専用の→各エリアに専用の
呷る→ルビを
エリア七に来ていた彼ら→エリア七に来ていた両親　家族四人のことかと勘違いしました
リックとアンリだったが→リックとアンリは
リックがカプセルを見つけてから→カプセルを見つけてから　直後に「リックは」とあり、しつこい気がしました

ここまで読んでエディとアンリが何歳くらいなのかさっぱりです。
追記：2話で歳書いてましたね。見逃してましたすみません。

正確にはマッキントッシュは機種、ウィンドウズはOSの名前です（どうでもいい）。

同じエリア統治機構長官の付き人→どちらもエリア統治機構長官の付き人　上司が同じ人のように読めます

三一ものエリアに分けられた地下世界の一つ→わけられたのは三二なのでここは三二としておくべきかと
仁王立ちをしていた→仁王立ちしていた

前のエピソードから場面が変わったのがわかりにくいです。
太陽が邪魔で通信できないのなら、一度ロケットのようなものを別方向に射出してそこから通信すればよかったのでは？
地上の痕跡を一切消すということは、地球全体をカバーしなければならないわけですが、地下世界はどこにあるのでしょう？　地球全体に広がっているのですか？　週一の会議を対面で行えるということは、どこかの大陸のある地域の地下に限定されていると思うのですが、それだと地球全体を工作するのは大変そうですね。
地熱発電はできないのですか？　むしろこれが発電の本命だと思っていました。

バツイチなら独身と歳は関係ない。未来人の感覚は厳しいですね。

ここは、元北欧エリア住まいとはいえ、半袖のアンリが暑がるくらいには確かに、気温が高かったのだ。→元北欧エリア住まいとはいえ、半袖のアンリが暑がるくらいには確かに、ここは気温が高かったのだ。
対策のしようがない→対処のしようがない

SPは全角でなく半角がよいと思います。
目の前にいるのが有名人の妹だとわかったら、申し訳なさよりもまず驚きがくるはずです。

防護服はいつの間に脱いだんでしょう？

いや、SPには従おうよ笑

耳に障るかん高い声→耳に残る魅力的な声　耳に障ると言っている時点で蠱惑的な世界から出ちゃっているように思うので
生活音というもの→生活音
蠱惑→ルビを
馬鹿みたいに不衛生な→馬鹿みたいな　後ろの欠点の羅列に不衛生が含まれているので
存在しないのだ→相当な物好きで、もちろん店側も大っぴらには商売できない。　どこの世界にもフェチはいるので、存在しないと断言はできないでしょう
不気味の谷→定義が間違っています。人間に近づけていったときに気持ち悪いと感じるところが谷の部分です。好感→境（不気味の谷）→不快→境→好感ではなく、好感→不快（不気味の谷）→好感です。
耽る→ルビを
叡智→ルビを
纏う→ルビを
嘲笑った→ルビを
救われないから→救われていないから　「救われたから」に合わせるならこちらです
その預言者、息子→その息子　預言者＝息子という意味ならば、キリストは預言者ではないので誤りと思います（自信はないですが）。キリスト教でいう預言者はアブラハムかと。
その他宗教にも波及→キリスト教に言及するならイスラム教も個別に言及するべきなのでは
何とも都合の良い解釈を持った宗教→崩壊した宗教同様、何とも都合の良い教義を持った宗教　信じ、祈ることで救済されるというのは多数の宗教が持つ教義なので、N教が特別都合がよいわけではありません。また、解釈という言葉はそぐわないように思います
生きていけない生物→生きていけない生き物　なんとなくです
それと同時に、→そして
俺とアンリ、その二人分→二人分　または　俺とアンリの分
地下にも放射線汚染区域は広がってきており→なぜ？　汚染水が浸透するから？
以浅→より上　意味はわかるのですがあまり使わない言葉だと思いまして
放射線に汚染されてしまう→被ばくしてしまう　人体の場合汚染されるのではなく影響が出るので
揶揄→ルビを
俗称までついている→俗称がついている

核戦争が起こったとして放射線汚染ってそんなに長く続くんでしょうか。核の冬は、核兵器によってまき散らされた粉塵によって地球が覆われて太陽光が届かなくなって気候変動もすさまじく……みたいな現象です。最初はもちろん地上にはいられませんが、数百年も汚染が続くとは思えないのですが。
鉛がガンマ線をカットするには10cm以上の厚みが必要です。中性子線を防ぐにはメートル単位の厚みが必要で、水の方が適しています（原発で水を使うのはこのためです）。逆にアルファ線なら紙で遮蔽できますし、ベータ線なら鉛じゃない金属でも遮蔽できます。よって防護服を鉛で作る意味がないと思います。鉛が使われているのではなく、単に重いから鉛服と言われているというのが無難では。
放射線を遮断するというのは反射するわけではなく、厳密には吸収するのだと思います。
※この辺の指摘はググっただけのにわか知識なので、実際のところは書かれている通りなのかもしれません。自信はありません。

一行目→字下げを
―→偶数で使いましょう。3か所あります。以降同指摘を省略します
この一連の計画を、→字下げを
エキサイト→エキサイティング　動詞より名詞かと思いまして
不況を苦しめる→不況が苦しんだら好況になるのでは
TIME LIMIT IS FOR TWO YEARS→TWO YEARS LEFT UNTIL THE TIME LIMIT　または　TWO YEARS LEFT　タイムリミットは〆切日を表すので「タイムリミットは2年間」ではなくて「タイムリミットまで残り2年」または単に「残り2年」です。

よいスタートだと思います。