恐らくだが、自分が愛刀で神樹の核に攻撃を行った際、その衝撃によって散らばってしまった大量の魔力が幹から根へと伝わり、花を咲かせたのだろう。

幹から根へ魔力が伝わっても花は咲かないんじゃないかな？
【枝】なら分かるけど…。