電子書籍化の契約書を交わしたのは、平成27年の元日から施行された改正著作権法の絡みで、元日以降に交わした契約の場合は自動で電子書籍化もかわされますが、それ以前に出版されたものについては、紙とデジタルは別物なので、改めて契約書を交わされた物だと思います。
それで、なんで電子書籍化されないか？についてですが、単純に制作費に見合う売上が見込めないから作られないだけだと思います。
仮に1万部と1冊500円で値付けして販売した場合、150万くらいが出版社に転がり込みますが、そこから経費（挿絵の方への使用料など）をさっ引いて、印税を支払って、出版社の利益がそれに見合うかだと思います。
正直言って、紙だけの方が利益は出ます。（紙なら再販制度で価格が保護されていますが、電子書籍は二束三文で売るビジネスなので、出版社は全然嬉しくありません。嬉しいのはAmazonだけです。）なので紙だけで出されているだけだと思います。
契約書を交わしたからと言って、電子化をするという確約をしている訳で無いので、3年と書かれていますが、3年たったら自分で電子書籍取次に持って行って、売ってみると良いと思います。
その代わり、二度と出版社から見向きもされなくなる可能性も高いですが…。