魔法都市エルにある小さな私設図書館には、司書を務める魔女がいる。 ある冬の日、存在しない本さえ探し出すと噂される彼女のもとを、学業に行き詰まった見習い魔女が訪れた――。

男子高校生・渡瀬秋はある時真っ白な部屋で目を覚ました。 そこにいた様子のおかしい自称ナビゲーションキャラクターのナビ子は、秋が学園を舞台にした恋愛シミュレーションゲームの主人公で…