『体』と『身体』はどちらも『からだ』と読めますし、意味もほとんど同じですが、私は作中でその二つを使い分けています。
『異世界探偵オリト』では、登場する特殊能力に『身体（しんたい）』というものがあるので、それと区別するために、ボディーの方の『からだ』は『体』の表記にしています。
『選ばれなかった僕たちは』では、第一章では『体』、第二章では『身体』、のように使い分けています。こちらは、その方がイメージに合うかなあと思ったためです。（ぼんやりした理由(；´∀｀)）
皆さんは、表記の小さなこだわり、ありますか？(*´ω`*)