ＳＦでよく指摘されるネタで、宇宙人と地球人との間に子供ができるのはどうして、というのがあります。全く別の生物が偶然同じ見た目になったのだとしたら遺伝子などは別だし、それこそ蛋白質を構成するアミノ酸が異なるとか、炭素系ですらない可能性もあります。
ありがちな解決法は共通の祖先を持つということにすることです。地球の過去の超文明が宇宙に植民した、もしくは地球人も宇宙から来たのだという設定にすれば説明はつきます。
異世界物でも同じような理屈でなんとかできそう。異世界転移が何度も起きていたのだとすると、異世界と地球の人類が共通の祖先を持つということにできます。人間以外の生物も転移してることにすれば、似たような生物構成であり、食べ物も普通に食べられることにも不思議はないわけです。