意図して「え？ どういうこと？ わけわからん！」と混乱を誘う書き方をしているので、その混乱は正解です。
というか、わかりにくくてごめんなさい。わかりやすくなるようにどこかに注釈入れたいと思います。

あらすじにあるとおり、主人公が時間をさかのぼる話です。
EXTRA STAGEが時間をさかのぼる直前
↓
第一章がさかのぼった後
↑
第二章以降がさかのぼる前　という構成です。

本当に混乱を招いてしまい申し訳ございません。
貴重なご感想、ありがとうございました。