感想ありがとうございます。感想の数が少ないので、嬉しいです。
では、現状公開している情報の中でお話しします。
アインが宗教と協力することに決めた理由としては、情勢と正しく広大な領地が原因です。情勢は包囲網を形成されようとしており、混乱を誘うことはできても油断はできないと思います。兵数も領地に比べて少ない数しか動員できず、軍量で劣る状態で領民を味方にできなければ厳しいと言わざるを得ません。そしてこの広大さが仇となっています。何度か話に触れたとおり、騎士の数が足りません。すなわち支配が盤石ではないのです。教会などは領内のあちこちに存在し、宗教を利用することで領内を統制しようと主人公は考えています。
どうでしょうか？これでは理由として弱いですかね？

そして最後にこの物語で主人公は成功続きというわけではありません。火薬の件も火薬自体は成功しても銃自体は失敗と言えます。志願兵の制度自体も結果兵士の動員数が少なくなり、この情勢下では失敗でしょう。
この先主人公が選択した結果がどうなるかはぜひ読んで確かめていただきたいです。

展開に疑問を持たれたこともまた事実なので、皆さんが納得いただけるよう加筆修正したいと思います。

長くなりましたが、感想ありがとうございます。これからも宜しければお願いします。