以前にも、SEの性で検証とその結果の情報提供をした者です。
まずは松川さん、本当にお疲れ様でした。
ご心労とそれによる負担、想像するにしても胃が痛む……
そして、その上であの創作論上での丁寧で真摯なご対応＆今回の件をこのように明確に、経緯と心情を共に言葉として残してくださった松川さんの勇気と決断に、標題の通り、多大なる感謝と敬意を。
（あの引用いただいた部分は私が残した言なので私が私のものだと認識してた上で、なのですが、）
同様現象に遭遇した旨の報告がいくつかあるのであれば、やはり「普通は起きない」けれど、「百パー起きない保証もない」、「なんらかの条件が絡み合ってしまった時に起きうる」というタイプの、検証が難しいバグなのだと思います。
SE的に、頭痛と目眩と胃痛が発生するやつですね。
そして、こういうバグに有効打を打ち込むために必要なのは、明確な細かい状況についてのデータのこつこつとした積み重ねです。
その積み重ねから少しでも傾向が見えれば、調査の方向性が得られるので……言うなれば、この事象に対しての運営さんの現状は「コンパス無しの太平洋ど真ん中の小舟」みたいなもんですから。
正味、もともとの創作論の方の二話目を確認した際に「ん、これ検討事項増えるかも、な……」と思った部分もありますので、これをご覧の皆様におかれましては、同事象に遭遇した際には、下記のように状況を明確にして、運営さんへのご報告を行ってください。
もちろん、先に【必須チェック事項】を確認して、「当該事象だ、コレー！」した場合、にですよ？（そうしないと運営さんがパンクしかねんので）
【必須チェック事項】
・対象のエピソードを一度も公開したことがない
→一度公開から非公開、そして再度公開をした場合は新着には載りません（私検証済み）
・対象のエピソードより後ろ（一覧上の下）に公開したエピソードがない
→公開エピソード同士の間にある非公開エピソードを公開した場合は新着には載りません（私検証済み）
・対象のエピソードがトップページの「新着」以外の場所に載ってる作品に含まれない
→運営さんからの情報を松川さんがまとめた所、そういう事のようですので……つまり、「仕様です」
【報告に必要な情報】
・自分のどの作品のどのエピソードを公開した時か
→これについては日付はもちろん時刻も！
・予約投稿か手動投稿か
→細かい状況が欲しいので……手動であれば公開時刻は可能な限り細部（秒とか）まで欲しいところです（無理ならしゃーない）
・その上でどのタイミングでトップページを確認したか
→これも日付はもちろん時刻も！（やはり可能であれば秒まで）
・どんな端末でトップページを確認したか
→機種とかではなく、パソコン、タブレット、スマホ程度の情報で構いません！
・アプリでの確認かブラウザでの確認か
→あーと、良くわからんという方は「カクヨム公式アプリでの確認かそうでないか」だけで構いません
・他、普段と違う点、操作において異なった点があれば、それも報告、報告ぅ！
何故か最後が某福音ロボのおねーさんのようになってしまいましたが、「当該事象についての報告」についてはこうした細かい情報を書いてください。
もちろん、しっかり【必須チェック事項】をチェックしてからですよ！
※みだりにやると運営さんがパンクします。
他の対応が後手になります。
運営さんの中の人の胃や精神衛生が、荒れます（休職まで追い込まれたSEとしての経験則）
なので、報告という伝家の宝刀を抜くタイミングを見誤らないようにお気を付けください。