個人的に思ったのですが

澪「そう言えば、私たちが再開したのも電車の中だったね」
航「あの時は、まだ澪ねぇちゃんってことに気付いてなかったけどね」
航？「あはは。ごめんごめん」

これだと、航が澪にごめんと言っていると感じたので

例えば

澪「そう言えば、私たちが再開したのも電車の中だったね」
航「あの時は、まだ澪ねぇちゃんってことに気付いてなかったけどね」
澪「気づいて欲しくて隣に座ったんだけどなぁ〜」
航「あはは。ごめんごめん」

見たいな方がいいような気がします。