仰る通り、ラテン語で悔い改めるという意味を持ちます。
作中で言及している通り懺悔し悔い改めるプロセスのことですが、一部地域ではキリストの苦行の追体験として自らを鞭で打ち傷つけるといったようなことも行われていたそうです。

同族の罪を背負って奴らの代わりに血を流せ、その血で討ち滅ぼすことがお前の贖罪であるという意味を込められているので、前話で艦長がもうその名前は使うなと言ってたのでした。