ネタバレになるので控えますが、SFでよくある「卵が先か、鶏が先か」理論ですね

現代編に戻った時に分かりますが、二人はホムンクルスではないとだけ言っておきます。

そんなどこかの魔法少女みたいに……。
記憶を失う可能性がある以上、オルテシアへの対応から見ても椎名が進んでやるとは思えないので、エミリアとシキの二人がホムンクルスになるようなことはないかと。

可能性としては高いとだけ言っておきます。

シキはエミリアの護衛としても優秀ですしね。
そもそもオリハルコン級の冒険者って、現代のＳランクと同等以上の力を持っていますから……。

現代の探索者ギルドの理事長の名前がエミリアであることとか、全部一連の出来事は繋がっているので……。

これだけでは、まだなんとも言えないと思います。
セレスティアが見た未来が、どの程度の未来なのかによりますしね。
探索者の受け入れが始まって賑わっている月面都市の可能性もあれば、そこから更に未来の可能性もある訳ですから。