文章が足りなかったなーと思っていた部分でしたので捕捉ありがとうございました。
その解釈で当たっています。

レンゲの発した未知のエネルギーの奔流を受け止めた機械（ワルキューレ）を通じて、それと繋がっている機械類も未知のダメージを受けることになりました。