コメントいただきありがとうございます。
(マトリックスという作品に対する私の理解が誤っていたら恐縮ですが)エージェントはマトリックスというシステムの崩壊を防ぐために、主人公を含め不都合な存在を排除するプログラムだと理解していますが、「目」はそれよりも(あえて)視座を落として設計されています。
ボックス内のユーザに害をなす別のユーザの処理(犯罪者の逮捕など)を対象にしていて、危ない作業をロボットにやってもらおう、がよりニュアンス的に近いです。
エージェントの役割のひとつであるシステム内に生じたバグの処理という観点では、「虫」の方が近いです。エージェントのように表立って電脳空間に現れたりはしませんが……。