「別れ話をしただけです。彼女から告白されて交際を始めましたが、実はウソ告で、弄ばれているだけだったと知ったものですから。」と、説明すれば済みますよね？
また、生徒会が、主人公が屋上に居たことをしっているのは、彼女が教師に見つかるまで屋上で泣いていたから・・・でしょうか？