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呼称というのは関係性にもよります。現代でいえば自分が先輩や先生と呼んでいる人物にしても、その当事者間の関係性からそう呼んでるだけの事。

公家とか見ても、本来は朝廷のような国家を統治する支配権力を指す概念なのでしょう。ちなみに、歴史好きの方でも知らない人多いですが、鎌倉幕府の最後の方の将軍は皇族だったりします。

足利幕府になって武家も公方を名乗る例が多々あり、徳川幕府になって主に将軍を指します。ちなみに公家たちは将軍の事を大樹公などと呼んでたようです。

当作品では豊臣政権や徳川幕府と違い織田幕府は朝廷をかなり立ててます。なので、お上といえば天皇、公方といえば上位の公家を差している前提です。