ちょうど欲しいなって思った情報が欲しいタイミングで来る気持ちいい作品ですね。この話で大体の謎は解明できましたね。（ミスリードが無ければの話ですが）
あと残っているのは、
・魔獣に何が起こったのか？
・誰がどうやって主人公たちを呼んだのか？
・転移してきた人間の一人が何故魔王と呼ばれるに至ったのか？
・何故国家的な戦に王自らが出陣したのか？
・上二つから鑑みて転移者は何らかの特殊な力を有しているようだが、それは一体何なのか？
という疑問ですね。
テンポよく進んでいく展開にドキドキが止まりません……！
作者からの返信
応援ありがとうございます！
あまり重要じゃない謎について解説させていただきます。
「何故国家的な戦に王自らが出陣したのか？」については、状況が逆です。ミツゲツ・ヒイロが王だったのではなく、魔王を打ち倒したから王になったのです。人間と魔族の戦争の際には災害レベルの被害が発生しました。そんな状況を打開したのが転移者であるミツゲツ・ヒイロなのですから英雄視され、新王国を築いたのです。
◇◇◇
そしてここからが重要！
あなたが上記に記したもの以上に、いやその倍以上の謎がこの小説には隠されていますよ。書き記すこともうんざりする程の謎が。
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・主人公の右足の謎。
・主人公とクラスメイトの転移になぜ、時間の差異が発生したのか。
・ダンテはどこにいったのか。
・セシリアの重要な用事とは（3話参照）
・セシリアとダンテの素性
ect.
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他にも謎は生み出されていきますので、謎の探求に困る事はないでしょう。
そしてこの世界の設定についても話したいことは尽きないので、展開が落ち着いてきたら書いていきたいと思います。
その世界設定はかなり面白いですよ。自称「チェン◍ーマン」です。魅力的なキャラ、魔法の設定も練り込んでいるのでバトルシーンなんかは面白いと思います。
編集済
転移者は、この世界にとって薬にもなり、癌にもなりうる脅威として映っている、そういう事なのでしょうか。
他国から化け物呼ばわりされるのは、過去にやって来た転移者が無茶やったせいなのでしょうかね？
過去には、アザミちゃん達以外にも転移者がいた。
その事実は大きいように思います。
とはいえ、呼び出した者が見えない状態で、転移者だけがいたのも不可解ですよね……。
そしてタイミング良く（悪く）やって来た兵士。
あまり良い報告を聞けそうにもないですが……？
作者からの返信
何度でも言います。コメントありがとうございます！
転移者は「世界を根本から覆す」程の強大な力を有しており、あなたが仰っている通り『この世界にとって薬にもなり、癌にもなりうる脅威として映っている』のです。転移者が持つ強大な力は未だその力を発揮しているのですが、ネタバレになりますので割愛させていただきます。それ以上にこの世界を形作る重要な情報だという事です。
転移者は300年以上も昔からいたことになります。この者たちのおかげで、主人公は異世界でも会話が通じるんです。面白い設定かつ、ちゃんと辻褄があっているでしょう？
そして、大体の異世界転移ものって転移者は歓迎させるものなんですよね。しかし、この世界ではこの限りではない。なかなかに斬新な設定ではないでしょうか。
そして主人公たちを転移させた者の正体が分からないという点。不可解ではありますが、その正体の鍵となるのはもう伏線として至る所にちりばめられております。
次の話では、衝撃の展開が待ち受けております。今まではなだらかに話が進んできましたが、かなり物語が進展します。序章には物語がヒートアップする２つの点がありまして、その点の一つが次の話という事です。
かなり面白くなってくるので楽しんでください。
"神の住まう場所に、神の使徒である天使を下界へと降臨させる儀式。その場所がアパナ聖殿だったんだ。"
→アパナ神殿が神の住まう場所ってことですかね？だとすると、神が下界にいて、使徒が天界にいることになります。あべこべな気がします。
場所にいる天使を外界へと降臨させる。その場所がアパナ神殿だと落ち着くんですが。
どうなんでしょう？
作者からの返信
応援ありがとうございます！
神の住まう場所にも下界にも『降臨』が係っていますね( ﾟдﾟ)ﾊｯ!
神の住まう場所が主人公のいた世界です。下界が今主人公のいる異世界です。当然比喩ですので主人公は天使ではありませんよ（杞憂ですかね^^）。
なので、アパナ聖殿は天界と下界をつなぐ場所です。
修正しておきます！