そうなんです。意図的に切られていたんです。
誰がしたのかはナギには分からなかったようですが、なにか秘密裏に行われていることがあるようです。
保護という監禁状態の稀人の存在をサクラの父とナギの父は知っていたため、サクラを入れたくなかったみたいですね。親心ということでしょうか。