霊安室の特徴としては
・皇家による私物化
・能力者至上主義
・他の部署との連携皆無
があります。で、問題点は
・私物化により試験に合格していない素人が採用される
・連携皆無の為、犯罪者を取り逃がし、初動捜査が遅れて被害拡大
・能力者はともかく、高度な科学力やテクノロジーを有した相手には無力
・人命よりも面子を守ることを最優先

上記三つが、結果として問題点を生み出しており、同等以上に仕事をこなすことそのものがまず困難となっています。

特捜室のメンバーは能力者が多いですが、至上主義というわけでもなく、戦闘能力に直結しない能力を持っている捜査官もいます。
ですが、チームによる連携による捜査を行いますから、根本的に霊安室とは違っているんですね。

皇家という一族が私物化している現状では何をやっても気に入らないでしょうね。