兵員輸送船については長距離航行を念頭におきたいですが、揚陸戦となると和船のような平底船にし曲射砲(は未発明でしたっけ？)を搭載、海岸に乗り上げ曲射砲の釣瓶打ちで頭を下げさせる。そして設置可能であれば、史実の上陸用舟艇同様、船首に前に倒して使う乗降口を設置して、掩護砲撃・射撃の元一気に海岸に上陸でしょうね。
まぁ実用化は鋼鉄船とこれに搭載可能で実用に足る蒸気機関開発成功後になるでしょうけれど。鋼鉄、それも侵炭鋼や炭素鋼を開発し、これらによる軽装甲以上の防備を施した上陸用舟艇を作りたいところ。
まぁ当面は亀甲船を南蛮船で引いて目的地付近まで行き、南蛮船から上陸部隊を移乗させてあとは南蛮船の掩護砲撃と自前の曲射砲による上陸支援砲撃を続けながらの上陸ということになるのでしょうね。目的地近くに移乗に都合の良い湊を抑えられれば良いけれど、最悪の場合を考え海上での移乗も可能とするよう、相応の設備開発(今の所間に網を張って、この上伝っていく程度しか思いつけない)と訓練した方が良いでしょう。あ、この場合船同士の距離が一定以上に狭まらないよう、十分に強度のある「つっかえ棒」(複数セット)も(兵員輸送船である南蛮船側に)設置した方が良いですね。船縠ふくめて冬の日本海の荒波の中でも相互の位置をがっちり固定できるようなつっかえ棒を。

通信は結局電波や昼間でも見えるぐらい強力な投光器を用いた発光信号ぐらいですよね。もっと近くなれば手旗信号や信号旗掲示による通信もできるでしょうけれど。(電離層と中波通信の組み合わせは強かった。)

兵員輸送船は揚陸船も兼ねるなら、竜骨のない喫水線の浅いジャンク船タイプをベースにしたほうが便利かも？

最初、織田信忠視点なのは少し読めばわかりますが誰々視点を記載してないのはわざとでしょうか？
武田の姫との婚約のところで確信しましたが。。