宇宙船のAIと聞いて、
アン・マキャフリーの「歌う船」を思い出しました。
AIではないですけどね・・・「船」に引きずられたイメージでした(^^;

人間の記憶や心が船に残る、ということでは、
キャプテンハーロックの、アルカディア号が該当するかも？
明確な人格とは捉えられないけれど、
物語の要所要所で、まるで意思を持っているような介入がある、
そんなサブキャラクター的な絡みに使えそうですね。