意識している方向の問題ですかね？
横スクロールだと大体左から右に進むので、右方向を強く意識する。
縦スクロールだと大体下から上なので上方向を強く意識する。
意識していない方向からの攻撃には弱い。

でも、縦スクロールシューティングで左右からの攻撃ってそこまで回避しにくくも無いような気がしますね。
あまりシューティングゲームはやってないので詳しくは分かりませんが。