両方の記憶か彼の記憶から付き合ってた事を消すにしても２人が付き合ってた事知ってる周りの人の記憶も消しておく必要がありますね。
そうすれば好きじゃなかったから彼は心に傷を負わずに済むし。

１番良いのは彼と２人が付き合ってる事を知ってる周りだけから付き合ってた記憶を消した上で彼と周りの人達に九条と悠乃がホテルに行くような仲と記憶を改変すれば彼が本命であればある程ダメージ与えられる上に九条にはもう憎悪しか沸かないでしょうし。
苦しむのは本命の彼を裏切って九条と遊んでた悠乃だけで済む。
おまけで悠乃が九条の子を孕ってて最後は彼から
「悠乃"さん"おめでとう！」
とか言われる悪夢でも見せれば完全に壊れそう。