物語は面白いです。
（ファンタジーなので）どうでも良いことかもしれませんが、
他の方も書かれているように、体積の計算（数値）がおかしいです（この日本が「私たちの存在する世界」の日本という設定であれば）。


＞そう、まず階層数が十倍になってたのだ。
次に各階層の体積が十倍になってた。
結果、十倍の階層と十倍の体積で、合計百倍ってことみたいだった。

＞で、戻って調べたら、高さが２倍で直径が５倍だった。

の2つの叙述が合わないです。

どちらも内部の階層についての数字ですが、下の叙述から
直径が5倍で高さが2倍となっているので、
各階層の体積は、5×5×2＝50倍、となるはず。
（面積が5×5の25倍で、高さが2倍なので）

でも、上の叙述では各階層の体積は10倍……。

どちらも測定値が正しいとなると辻褄が合いません。



ただ、ファンタジーですので、私たちの存在している世界とは（よく似ているけれど）違う世界。
なので、空間の性質（？）が違っていて、「直径×高さ」と「体積」が正比例する世界と言う設定かも……と考えられないではないです（変な設定だけれど）。
そう言う世界だとすると、面積や体積の計算ってどうなっているんでしょう……はて？？？（小学校の算数の教科書の面積・体積の記述がどうなっているのか、興味あるところですね）

１００００m！
謎の飛行機事故が起きそうですね、大迷惑。
バベルの塔でも砂漠の中にあったのに、もうちょっと頑張って軌道エレベータまでに成長させてください（笑）

元の高さが各階200mが2倍になって400m。
元の階数が25フロアが10倍になって250フロア。
400✕25＝5000m。
…？はて、これだと元の高さから20倍にしかならない。
高さ100倍はどこへ？
せめてフロア数と階層高さの計算で100倍になるようにしとかないと。

尚、何故か突然に直径5倍設定が発生しているが、
亜空間拡張が強化されて外観直径が変わらなかったのでなければ、
面積は半径✕半径✕3.14なので、ざっと面積は19.6倍になる。
つまり、高さの倍率に掛けると332.5倍に！

追記
返事ありがとうございます。
つまり、高さは外観1万、実質拡張しても5000で、
代わりに面積の拡張に余剰エネルギーが回されたと。
まあ、50年分の魔素を消費したそうなので、
拡張や上位進化などでかなりの乖離があるのは当然でしょうね。

>それの体積が十倍ってことは、単純計算でも直径と高さが、それぞれ三倍とかになるってことか？

体積10倍を3.16*3.16≒10と
主人公が考えているなら小学校からやり直してどうぞ

立方体等の体積が10倍の場合
三方向同率の場合長さは約2.15倍程度になる(2.15^3≒10)

元の塔の体積は、元の搭の半径をr高さ1としてπ*r^2
もし直径方向5倍で高さが２倍だと
π*2*(5r)^2=50π*r^2
この上で階層10倍で単純にその体積も10倍なら
体積が500倍になっていないとおかしい計算です。

以上からいろいろとよくわからない矛盾があります。
まあ高さが100倍でそれだけでも体積100倍なのに縦横方向も広がる時点で意味不明空間での体積増加だからこの議論が意味をなさないのかもしれませんが。

搭なのに、高さより直径の方が大きいと、ただの円形の建物みたいに感じます。