作者が作品解説をするのはあまりよろしくないし、作者が言っていることが作品解釈の”正解”ではない（読者による解釈が自由であるべき）という前提で以下を読んで欲しいのですが……。
現実と虚構、というテーマにそってこの話を解釈するならば、今回は先輩が「イマジナリーフレンド」の話をして、主人公がその仮説をとるか後藤さんの実在を信じるか選択した時点でアドベンチャーゲームにおける「分岐」が起こっていると思います。
後藤さんの実在を信じるならば、後藤さんの存在を消した何かが現れなければ成立しない。だから「黒ずくめの男」が出現した。逆に、主人公がイマジナリーフレンド説を選択したら「黒ずくめの男」は出現しなかったということになります。
現実的に考えれば、主人公がどちらを選択しようが「黒ずくめの男」が出現するか否かという直近の未来が分岐するなんてありえないのですが。本作は主観的認識が「分岐した異なる現実（オルタナティブ・リアリティ）」を生み出す、という世界観となっております。

ただ、これが本作特有の現実の在り方なのか……。そもそも我々の生きる「現実」も主観によって構成されているかもしれせんね……。