最後の
前将軍足利義輝によって暗殺されたという遊佐長教の息子である遊佐信教が父が守護代であったことを名目に反乱などを起こさぬことを祈ろう
は「が」を連続使用して読みにくいので
守護代であった父遊佐長教を前将軍足利義輝によって暗殺されたことを名目に息子の遊佐信教が反乱などを起こさぬことを祈ろう
にした方が読みやすいかと思いました。好みの問題ですが念のため。