ここまで一気に読んできました。
楽しいです！

さて。
＞しかし、それは僕が解析スキャンする前に箱に直されてしまった。

「直す」は「片づける」や「しまう」の意味ですね？

かなりの頻度でカクヨム登場するので
意味は理解してもらえると思いますが、
これ、方言です＾＾
知らない方もいらっしゃると思うので
使わない方がよろしいかと･･･＾＾