ご質問ありがとうございます。
ロケットとミサイルの違いですが、大きく違うのは射程距離と誘導装置の有無になると思います。
ロケットがおよそ４０ｋｍ～７０ｋｍの射程距離なのに対して
エイタクムスミサイルの射程は１５０ｋｍ～３００ｋｍとなります。
どちらも目標の上空で小型の爆弾をばら撒くのは一緒なのですが、
ロケットは風の影響などを受けて目標までの距離が長いほど位置がずれる可能性があるのに対して、ミサイルは慣性誘導装置と（本作中では人工衛星が無い為使えませんが）GPS誘導補正などで位置のずれを修正したうえで、ほぼ正確に目標上空で爆弾をばら撒くことができます。
また、ミサイルには対戦車タイプのモノがありまして、そちらは上空でばら撒かれた爆弾自体が赤外線センサーや音響センサーを頼りに戦車に向かって落ちていく構造になっています。

私も本文の説明が足りてないなと感じましたので、近日中に追加しようと思います。

拙い文ですが今後もお付き合い頂けましたら幸いです