エイドスシステムは元々は燐界調査、及び異神との接触のために作ったものです。向こうの世界は生身の人間では生きていけないので、機械に独自判断できるAI乗っけて調査させればええんでね？と考えた模様。火星探査とかそんな感じ。ただし電波が届かないんですが。だったら自分で判断できりゃいいんだろ！と言う力技。

機種変更であってますよ。ただ、この世界は消却者との戦いの影響で医療の進歩が著しく、あるいは現実では禁忌とされているクローン技術の応用で患者の細胞から欠損臓器や部位を培養作成して神経接続する生体義体技術があります（三上の右腕は機械義手ですが、リアル感を求める人は生体義体にするのが一般的）。
その為、全身を生体義体で構成した生身の器を用意してバックアップしておいたバイタルパターンや記憶を脳に焼き込めば肉体は新しく、しかし記憶を引き継いだ状態になります。擬似的に永遠の命ですが、ご指摘の通り、テセウスのパラドックス、あるいは思考実験でのスワンプマンですね。

異神関係は正直フレーバーテキストと思っていただければ。結の終わり頃、最終盤付近でちょびっと出番がありますけれど。
シュメール文明面白いですよ。当時からしたらオーパーツみたいな技術力を持っていたり、宇宙人だとか宇宙人の奴隷（現地作業用の人員か？）とか言われていたり、日本人の祖先とか言われていたり―――つまり浪漫ですね！