>武器に関しては、学園側が用意した物の他に、武装に関してはこちらが用意した物の中から選択、使用してもらうことになるが、相手に必要以上の損傷を負わせないことを前提に【神籬機】の固有武装を使うことを許可しよう。

なんか文が二重になってる感じがします。

武器に関しては、学園側が用意した物の他に、
の文なくてもいい気が。

「視覚的に目立つ」という兵器としては一見デメリットとも思える要素であるが
(勇機士や憑依する霊側の趣味はもちろんあるだろうが)
【神籬機】の主用途たる対大型魔獣戦闘においてはとても理に叶っていると言える

防衛対象からターゲットを惹き付ける事が容易となるからだ
(ヒーローロボが派手な理由としても挙げられる)

なあ、オニキスって集団戦の中でしか目立たなくね？