魔法、超能力、異能は全て異なります。
魔元素で発動する能力が魔法と超能力です。
魔法と超能力の違いは魔法の力が後天的に得られるものに対して超能力は先天的に得られるものという違いです（なので超能力と魔法の両方を使える人もいます）。
異能力は魔元素を使わずに行使される説明のできない力の総称です。

これを踏まえたらわかっていただけると思うのですが、主人公は先天的に持っている超能力（自分もしくは触れたものそ存在を限りなく感知されにくくする超能力）と、後天的に（物語の最初で）得た異能力（全能）の力を持っているということです。
ちなみに主人公は魔法を習っていないので魔法は使えません。

最後に、ここら辺がごっちゃになると今後の展開についていけなると思いましたので少々説明文を書き直させていただきました。