商会というのは名称に付けられる呼称ですね。
なので、そういった○○商会なども分類では会社や企業に含まれるという認識です。
ミーミル社に関しては新聞社なので、商会という呼称を付けるのは違うような気がするのと、「ミーミル」だけだとスキル名と紛らわしく、「ミーミル新聞社」だとなんかダサいので、結果「ミーミル社」になったという経緯になります。