個人的には大出版社の方がアニメ化の絶対数が多いので有利な気がしてます。

アニメ製作をしているテレビ局やパッケージ会社とのコネクションも強いですし、体力もあるのでアニメに大きく出資してくれるパターンもあります。
（版元が大きく出資すると製作委員会は組成しやすい）

その上で、ウルトラＣの禁断の一手を使って、大出版社のライツ担当に自分の作品を売り込めば最強かもしれませんね。

それでも最終的には実売数やら、PV数やら、受賞歴が大事になるのは間違いないですけど。