自己愛性人格者しかいない世界かぁ

雅さんのコメント、ちょっと分かりにくいと思いますが、
"杞憂の使い方がおかしい"って意味だと思いますよ。

普通は杞憂を使うなら同時に"現実にはならなかった懸念点"を挙げます。
「〇〇（望ましくない事態）になるかと思ったが、杞憂だった」
で、"そうならなくて良かったよ、やれやれ"というニュアンスになるので。

また文章からすると、地球の神は"シドーの魂が輪廻の輪に組み込まれてなかった事" を魂が還ってくるまで分からなかったから、今まで待っていたのだと思われます。つまり、"シドーの魂が輪廻の輪に組み込まれてない事"自体は特に心配なんてしてなかった訳です。

『杞憂だったようじゃがの…』からの『まさか、輪廻の輪へと組み込んでもおらんかったとはのぅ』というのは使い方としても意味としても通らないと思います。