> あの青年の関係性を心底で考えていました。

心底→心の底　の方が良いかもです。
心底の用例としては「心底悔しい」みたいな心の底から(表層まで)悔しい時などに使うのが一般的かと思います。
今回は「心の底では」という表層とは違う感情が潜んでいるのを表現していると思うので、「心の底ではあの青年とミーティアの関係性を考えていました」とするのが良いかと。
しかし深層心理までまるわかりな叡智さん…

いやー、ここ数話でミーティアがイヤなキャラに感じてしまうなぁ、このままミーティアは退場でもいいんじゃないかとさえ今後の展開では思ってしまいそう。