学園長がラスボスであり、生徒が学園の暗部に足を踏み入れ、隠された真実を知るというのはワクワクする展開ですね。

ただ仁が学園側と対立するという構図に至るまで、もう少し工夫が必要だったと思います。
まずナナとは偶然に出会ったばかりで、仁のコアに宿った後もほぼ休眠しており、ナナや顔も名前も知らない創造主の側に立って学園長へ挑む、という行動に出るには理由が希薄だと感じました。
生徒を監視したり実験動物として見ている学園側に問題はあるとは思いますが、そもそもが『コアを宿した人間を研究するための機関』という側面も序盤から強調されていたために、そこまで憤ることかな？納得して生活していたんじゃないの？と正直思ってしまいました。

もっとナナとの交流や、『研究』と称して生徒に非人道的な実験を繰り返していたり、壮や瑞希を口封じのため殺すのも辞さない……などといった分かりやすい描写があれば、この展開もすんなり受け入れたかなと。

とはいえクライマックスの展開で盛り上がりそうなので、最後まで注目して読み進めようと思います。