お読みくださりありがとうございます！
その点についてはネタバレになりますので詳しくお教えできませんが、『遺伝子レベルでは測ることの出来ないナニか』によって一輝が変容したと捉えていただければと思います。そもそもダンジョンによる肉体の変容、『覚醒』自体が、遺伝子には関係がないとだけ。
このポイントはまだしばらく登場しないので、お答えが遅くなるかと思いますが、その点は申し訳なく思います。