わたしもはっきりとは言えないのですが、自主企画が終了後に、その☆はコンテストのランキングに反映すると思います。
ただカクヨムコンは週間ランキングではありませんから、その企画でトップページに出られるほどの☆を獲得できなければ、宣伝効果もなく、週間ランキングを心配するほどの意味もありませんよ。
ただ読んでもらって、読者選考期間内に☆を貰えるなら、参加したほうがいいとは思います。

ところで、カクヨムコンの中間選考は、大まかに☆の数だとは言われますが、どんなに☆が多かろうと、落ちる人がいます。
第４回のときは、現代ファンタジー部門の累計三位のかたが落ちてました。
この方の☆が違反で獲得したものなのか、レギュレーションの不備で落ちたものなのか、わたしは知りませんが、上位から何名が通過という、単純なものではないのは確かです。
その逆に、下位から編集部推薦で通過している作品もありますから。

それでも、期間内に通過できるだけの☆を獲得しておいたほうが、精神的にもいいのは確かですね。
宣伝効果があるなら、自主企画、どしどし参加してみたらいかがですか？(^ω^)

『同じイベントに参加している人からの作品への評価はランキングに反映されません』
の解釈について、以下の具体例を考えてみます。

某月1日から某月3日までの自主企画に参加しました。
参加前の★は0でしたが、その間、同じ企画参加者Aさんから★3、非参加者のBさんとCさんからもからそれぞれ★3（二人合わせて★6）いただきました。
某月3日の時点では、Aさんからの★は『同じイベントに参加している人からの作品への評価はランキングに反映されません』なので、週間ランキングに関わる★は★6です。
問題となるのは、自主企画が既に終了した某月4日です。
ここで解釈が2通り出てくると思います。

解釈1. 某月4日の時点では、何も企画に参加していない。もはやAさんも『同じイベントに参加している人』ではないため、Aさんからの★3も直近1週間に得られた★としてカウントされて、★9が週間ランキングに関わる。

解釈2. 某月4日の時点では、何も企画に参加していないので、もはやAさんも『同じイベントに参加している人』ではない。しかし自主企画は終わっても「Aさんからの★3はランキングに加えてはいけない」と内部に記録が残っており、Aさんからの★3は直近1週間に得られた★としてカウントされず、★6が週間ランキングに関わる。

あえて読者選考のランキングではなく普段の週間ランキングを例に出したのは、その方が手応えがわかりやすいからです。
二つの理由から、私は「解釈1」だと想像しています。
第一に、注意書きが『同じイベントに参加している人からの作品への評価はランキングに反映されません』というように、『同じイベントに参加している人』であり『同じイベントに参加していた人』ではないこと。『いた』ではなく『いる』と書かれていることを根拠に、あくまでもランキング測定時点における参加不参加が問題であり、過去の参加不参加までは記録されていないのではないか、と想像しています。
理由の二番目は、感覚的な手応えです。企画参加人数の多かった企画が終わった途端に、その企画に参加していた作品の週間ランキングがグンとあがる、というような出来事があった気がするのです。あくまでも『あった気がする』という感覚的なものであり、きちんとしたデータではないのですが……。その時、私は「過去の自主企画の参加不参加までは記録されておらず、リセットされるのだな」と感じたのでした。

どちらにせよ「私はそう想像している」というだけで、誰かに確かめたわけではありません。また、もし私の想像が事実だとしても、それが読者選考のランキングにも適用されるかどうか、そこもわかりません。
でも、もし私の想像が正しいのであれば。カクヨムコンは選考期間中の累計ランキングですから、最終的な集計日の時点で自主企画に参加していなければ（参加した自主企画が終わっていれば）大丈夫なのでは無いでしょうか。

……本当に「私はそう想像している」という話に過ぎないので、私も皆様からご教授願いたいです。ここのコメント欄が活発になることを願っています。
（長文失礼しました。後々コメントなさる方々、どうぞ私の書き込みを「それは違う、なぜならば……」的な叩き台にしてください）

私は自主企画に参加してなかったのですが、ちと書くほうに忙しくて、いろいろ手がまわりません。
でも、たぶん、カウントされないのかな。調べてきますね。