ママとパパの大きな大きな不滅の愛に支えられて、ゆうきは新しい生に。

亡くなっていますので戸籍についてはお考えの通りで、このまま生活を続けられないこともないけれど、社会的にはいないのと同じ。

ちょっとややこしくて他に類例はないでしょうね、こういう世界の処理の仕方は。
世界のあり方としては女の子のゆうきちゃんが生まれたけど赤ちゃんの内に死んでしまった世界、と言うのが本筋です。でもゆうきちゃんが死ぬ時か死ぬ前かに破壊神がゆうきちゃんの中に入り込んでしまった。そのためにゆうきちゃんは男の子の優樹になって、そして15年間生きながらえることになった、というのが物語スタート時点の世界。ところが今回の事件で優樹くんが破壊神となってしまったせいで、女の子であるゆうきちゃんを変化させて男の子に強制していた部分がなくなって、身体だけ元のゆうきちゃんに戻ってしまう。とともに優樹として過ごしてきた15年分が無かったものになってしまった、という流れです。
非常に分かりづらい。作者も説明しづらいｗ
なので優樹くんの両親もその15年分がゆうきちゃんだった場合に書き換わってる状態。