ありがとうございます。
吉次の言う「守るべきは誰か」についてですが、こちらは特定の誰か（主）ではなく、故郷の民のことを示唆しています。

吉次の策は、故郷に脅威となっている人物の力を削ぐ、故郷の脅威の大元たる京を混乱させる、京の切り札たる機巧兵器への対抗手段を自分達も手に入れる、といった狙いを持っています。
このため、京の人々を慮って何てことするんだ！と怒る守任に対し、「お前はどっちの味方だ」と返した形になります。

守任が実際に仕えている主に関しては、彼の故郷を守る武士達の頭領と考えるのが自然でしょうね。