読んで頂き質問もありがとうございます
この世界(というか時代として)の魚雷というものは命中悪く射程も良くないため、生半可な距離において打つというのは有り得ません
人民帝国の駆逐艦は逃げることに重きを置いているため、十分に距離を詰めることが叶いませんでした

そして、魚雷を発射した時の人民帝国の駆逐艦は、既に速度を失っており魚雷を打つには適している条件であること、降伏を勧告しようにも砲身が荒波に向いているため武装解除は現実的でないこと(この世界の国際法の観点から見ても)、砲戦よりも手っ取り早く沈められることから魚雷を選択しています
もちろんこんなことせずとも人民帝国側が降伏するなり自沈処置をすればいいのですが、描写の通り司令部は死んでいます

風の魔法の強力さについては、ある種旧世代のロストテクノロジー的なものと考えて欲しいです 風の魔法を起こす剣の説明は後にもされますが、特殊なものなのでこれに匹敵する程の威力というのはあまりないです
余談ですが、シャナが最初から魔法を使わなかった理由は国防軍の規則によるものでした