コメントありがとうございます！
第一章の01話辺りで説明があったと思いますが、諜報部のスパイは全員、元は身寄りのない孤児なので、諜報部が雇うというよりは諜報部が育てた、という感じです。
ですので、暗器の使用も敵の抹消も、スパイたちは生きるためにこなしてきた、という設定です……まあ、それにしたって十三歳はたしかに若すぎますけど。

ただ、ハチバンは別に無慈悲に抹消ばかりしてきたスパイではないので、その辺りは今後のお話の中でご確認いただければと思います！