辻褄合わせ的に連想していくことで物語が膨らんでいく……ということはありますね。でも、完璧に、というのは無理ですし不毛な気がします。
破綻をうまくごまかせてこそプロという話も聞きますし。

設定を考えるのはいいんですが、それを絶対の事実として書いたところでかえって説得力を欠いてくるし、構成として歪になってくるんですよね。重要なのはどう語るかなんじゃないかと。

ハードSFとか本格ミステリみたいに辻褄合わせそのものをおもしろく描くジャンルならまた別ですが。