　第二世代MHWは、第一世代機とはまったく違う機体である

　これまでに航宙艦や大型船にのみ使われていた熱核融合炉の小型化に成功したことで、小型熱核融合炉はMHWの性能を格段に向上させることになる。まず、バッテリーを積む必要がなくなり、その空いたスペースに推進剤を入れることが可能になった。また、核融合炉の強大な出力は、荷電粒子ビームやレーザー、電磁誘導(レールガン)の使用を容易にした。

　第二世代MHWの定義は

・熱核融合炉の搭載

・全長15m

　であり、これに当てはまる最初の機体が、同盟で開発されたMX-01である。この機体は実証実験の為に作られたもので、その存在は極秘とされていた。しかし、連合軍情報部のスパイによって情報が流出し、同盟の優位性は揺らいだ。しかし、情報が流出したのちも開発スピードは加速し、第二世代機の傑作MG-06マリオネットが開発されることになる。

　連合では統合歴2年よりM98レインフォースを改造したM98X 空間戦試験仕様が実験を行っていたが、その結果は芳しくなく、連合軍内には「宇宙用のMHWなんぞ必要ない。今まで通りに戦艦や航宙機(宇宙用の航空機)を整備すればよい」という宇宙用MHW不要論が牛耳っていた。しかし、MX-01の情報を得た上層部は急遽方針を変更。宇宙専用のMHWの開発を急がせる。複合企業MIK(名機M98を作った会社)と兵器開発廠が名乗りを上げ、開発したのがM01ビギニングである。しかし、初めて作る(M98やM68と比較して)大型機という冒険で生み出された機体であるため、高コスト化を招き、総生産数は1000機弱とあまり多くない。また、無重力という特殊環境での三次元戦闘機動は困難を極め、特にMHW-CQC(機動人型兵器近接格闘術)は統合歴4年時点でそんなことが出来る兵士はいなかった(ぶっちゃけ、統合歴10年時点でも主人公くらい)。そのため格闘性能を省き、射撃能力に特化したM02ロングシューター、そして現行機のM03ハンターが開発される。