確かにそれなら、主人公とだけ隣り合うことが可能ですね。しかし、作者はそんなことまで考えていませんでした。
　別の他の生徒と隣り合っていても、後ろや前に並んでいても、構わないのです。誰を隣と認識するか、教科書を忘れたとき机をくっつける方、授業中に思わず目を向けてしまう相手が隣の席なのだと思います。
　席替えで、他の隣の席も男子が取り合ったかもしれないけれど、そんなものに意味はないです。
　二人は同じ教室にいながら隔絶された異空間にいるからです。